|
|
Detekce patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě
Valkovičová, Nikola
Bakalářská práce se zabývala detekcí a sekvenací patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě. Pozornost je věnována především patogenům rodu Fusarium. Tyto patogeny způsobu-jí suchou hnilobu brambor, která vytváří povlaky bílého mycelia a hlíza následně mumifikuje, není vhodná ke konzumaci a snižuje se výnos. Pro detekci patogenů byla zvolena jedna z nejpřesnějších metod – PCR. Pro detekci pato-genů rodu Fusarium z infikovaných bramborových hlíz byla použita konvenční PCR s nespecifickými primery ITS4 a ITS5 nasedající do oblasti mezi geny, které kódují RNA ITS4 a ITS5. Pro detekci patogenů z půdy byla zvolena real–time PCR s primery ITS1F a AFP346 nasedající do oblasti, které kódující nRNA a mezerníky ITS1 a ITS2. Testovaná půda byla uměle inokulována neznámým izolátem rodu Fusarium získaným z bramborové hlízy a sbírkovým izolátem Fusarium solani var. coeruleum. Sekvenace potvrdi-la infekci hlízy bramboru patogenem Fusarium culmorum a objasnila tak obtížnost kvantifika-ce.
|
|
|
Metody diagnostiky viru SARS-CoV-2
HELMICHOVÁ, Eva
Tato bakalářská práce se zabývá studiem diagnostiky viru SARS-CoV-2. Jedná se o RNA koronavirus, který způsobuje onemocnění COVID-19. Bylo objeveno koncem roku 2019 v Číně a poté se onemocnění rozšířilo po celém světě. Toto onemocnění se projevuje těžkým kašlem, ztrátou chuti a čichu. V horších případech se projevuje zápalem plic. Diagnostika viru SARS-CoV-2 se provádí pomocí PCR testu, antigenních testů a testů na protilátky. Vyšetření antigenními testy je určeno pro rychlý screening přítomnosti viru. Test na průkaz protilátek je vhodný pro ověření prodělání nemoci, popř. jim zjistíme účinnost očkování a odolnost proti němu. Tyto vzorky se získají stěrem z nosohltanu, úst ze slin nebo krve. Odběr by měl být správný a důkladný pro analýzu viru SARS-CoV-2. Metoda PCR je pokládána za nejspolehlivější metodu pro diagnostiku viru SARS-CoV-2. Metoda nám umožňuje detekci viru na základě známých sekvencí a při použití vhodných primerů dojde k rozlišení jednotlivých variant virů. V práci je popsána morfologie, diagnostika viru SARS-CoV-2 a metodika PCR s přesným navržením primerů pro detekci SARS-CoV-2. Pomocí softwaru je provedeno srovnání genomů SARS-CoV-2 v dané mutované oblasti a vytipovaná místa, ve kterých se vzájemně liší.
|
|
|
České učebnice prvopočátečního čtení pro neslyšící žáky - od 19. do 21. století
Pavlová, Hana ; Hudáková, Andrea (vedoucí práce) ; Komorná, Marie (oponent)
Předmětem práce jsou české učebnice prvopočátečního čtení pro neslyšící žáky od konce 19. století až do současnosti. Pozornost je věnována také metodám výuky čtení, celá problematika je zasazena do širšího rámce metod a postupů ve vzdělávání neslyšících žáků. V první části je pojednáno o metodách výuky čtení obecně a o zařazení těchto metod do výuky neslyšících žáků, druhá část se věnuje historii vyučování neslyšících, důraz je položen na výuku čtení, je nastíněna také souvislost výuky čtení s výukou správné artikulace a s výukou českého jazyka v tom kterém historickém období. V třetí části pak jsou popsány jednotlivé učebnice prvopočátečního čtení z formálního i obsahového hlediska a z hlediska použitých metod a učebních postupů. V závěru práce jsou shrnuty obecné charakteristiky učebnic prvopočátečního čtení pro neslyšící, je zde nastíněna souvislost těchto učebnic s výukou českého jazyka neslyšících.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Optimalizace detekce klíčových genů biosyntetických drah alkaloidů u máku
BRÁZDOVÁ, Sára
Tato diplomová práce se zabývá vytvořením schéma biosyntetické dráhy vybraných alkaloidů máku setého, návrhem primerů pro vybrané geny a optimalizací PCR reakce těchto genů pro amplifikaci a následné sekvenování co nejdelších fragmentů. Optimalizace PCR reakce byla provedena pro geny 7OMT, TMNT a CODM, které se podílejí na biosyntetické dráze morfinu, kodeinu, papaverinu, noskapinu a sanguinarinu. Každý gen byl rozdělen na polovinu a primery byly navrženy samostatně pro každou polovinu genu. Celkem bylo navrhnuto 13 párů primerů. Optimalizováno bylo pět párů primerů pomocí gradientové PCR a gelové elektroforézy. Tyto primery byly použity pro sekvenační analýzu.
|
|
|
Detekce a monitoring potenciálně toxických sinicových lipopeptidů
BÁRTOVÁ, Marie
Cílem práce bylo designování a optimalizace PCR primerů pro detekci potenciálních sinicových producentů cytotoxických lipopeptidů puwainaphycinů a minutissamidů v environmentálních vzorcích. Na základě předchozích dat byly testovány vzorky ze dvou různých lokalit. První sada odebraných vzorků se skládala ze sinicových půdních biofilmů z pastvin ovcí, postižených onemocněním Alveld v Norsku. Druhá část vzorků obsahuje vzorky planktonních sinicových květů v CHKO Třeboňsko a okolí. Pro hodnocení přítomnosti lipopeptidů sinic byly použity tři různé postupy: mikroskopie, PCR s navrženými primery a analýza kapalinovou chromatografií - hmotnostní spektrometrií. Výsledky této studie potvrdily specificitu nově navržených PCR primerů. Na obou testovaných lokalitách byla prokázána přítomnost producentů puwainaphycinů / minutissamidů.
|
|
|
České učebnice prvopočátečního čtení pro neslyšící žáky - od 19. do 21. století
Pavlová, Hana ; Hudáková, Andrea (vedoucí práce) ; Komorná, Marie (oponent)
Předmětem práce jsou české učebnice prvopočátečního čtení pro neslyšící žáky od konce 19. století až do současnosti. Pozornost je věnována také metodám výuky čtení, celá problematika je zasazena do širšího rámce metod a postupů ve vzdělávání neslyšících žáků. V první části je pojednáno o metodách výuky čtení obecně a o zařazení těchto metod do výuky neslyšících žáků, druhá část se věnuje historii vyučování neslyšících, důraz je položen na výuku čtení, je nastíněna také souvislost výuky čtení s výukou správné artikulace a s výukou českého jazyka v tom kterém historickém období. V třetí části pak jsou popsány jednotlivé učebnice prvopočátečního čtení z formálního i obsahového hlediska a z hlediska použitých metod a učebních postupů. V závěru práce jsou shrnuty obecné charakteristiky učebnic prvopočátečního čtení pro neslyšící, je zde nastíněna souvislost těchto učebnic s výukou českého jazyka neslyšících.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Návrh a testování multiplex-PCR primerů pro detekci původců bakteriální skvrnitosti rajčete
STEHLÍKOVÁ, Dagmar
Předmětem této práce je vývoj metody multiplex-PCR pro specifickou detekci komplexu fytopatogenních bakterií rodu Xanthomonas, způsobujících bakteriální skvrnitost rajčete. V rámci této práce byly vyvinuty PCR primery pro detekci skupin A (X. euvesicatoria), B (X. vesicatoria), C (X. perforans) a D (X. gardeneri). Na základě sekvencí DNA získaných sekvenováním a z databáze GenBank (NCBI) byly navrženy 4 páry primerů - Xe_shotgun_104, Xe_shotgun_1819, Xv_atpD_403 a Xp_efP_202, které následně byly důkladně testovány a optimalizovány pro paralelní detekci uvedených bakterií. Specificita primerů byla testována na rozsáhlém souboru bakteriálních kmenů patogenních pro rajče a příbuzné plodiny. Dodržením popsaného protokolu lze rychle a spolehlivě identifikovat bakterie X. vesicatoria, X. euvesicatoria, X. perforans a X. gardneri v jediné reakci multiplex-PCR.
|
host ::
RSS.